#prerequisities mysql
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToGtf
chmod +x genePredToGtf
sudo ln -s ./genePredToGtf genePredToGtf
mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -N -e "select * from ensGene;" mm9 | cut -f2- | genePredToGtf file stdin ensGene.gtf
Pokazywanie postów oznaczonych etykietą GTF. Pokaż wszystkie posty
Pokazywanie postów oznaczonych etykietą GTF. Pokaż wszystkie posty
środa, 13 czerwca 2012
Getting GTF from UCSC with proper gene_id
While downloading GTF file (knownGenes or ensemblGenes) from UCSC Table browser an output has one serious issue. Transcript_id = gene_id. And in fact there is no gene_id. Below simple solution is presented for this problem (mm9 genome):
Etykiety:
Bioinformatics,
GTF,
mm9,
Next Generation Sequencing,
UCSC
Subskrybuj:
Posty (Atom)